El diseño de la ex Aduana de Arica es neoclásico, y su planta rectangular. Los muros perimetrales son de ladrillo, que se trajo especialmente desde Francia, con pilares de piedra canteada. La estructura de la techumbre y de los pilares interiores es metálica; los espacios interiores se configuran en base a estos pilares, dispuestos a 3,3 metros unos de otros.